Kolejne przygody szybkiego jak błyskawica i dzielnego jeża. W drugim sezonie łączy on siły z Shadow, który potrafi kontrolować chaos. Wspólnie poszukują fragmentów Pryzmatu Paradoksu, aby naprawić szkody wyrządzone przez Sonica w czasoprzestrzeni. Śmiałków czeka starcie z nowymi przeciwnikami.Rozpoczyna się walka o Odłamkowersum. Sonic i Nine są zaskoczeni pojawieniem się nieoczekiwanych sprzymierzeńców. Kiedy odżywają stare konflikty, Sonic musi zebrać swoją armię, by stawić czoła robotom Nine'a.