Drugi sezon serialu, którego fabuła została oparta na życiorysie ekscentrycznego geniusza i komputerowego specjalisty, Waltera O'Briena (Elyes Gabel). Swoje wybitne zdolności w dziedzinie informatyki rozwijał, włamując się do ściśle tajnych systemów i państwowych baz danych. W opuszczonym hangarze postanawia stworzyć sieć genialnych ekspertów, którzy dzięki połączeniu swoich umiejętności będą w stanie rozwiązywać skomplikowane problemy współczesnego cyberświata.Ekipa Skorpion zostaje zaangażowana przez Departament Obrony Stanów Zjednoczonych. Jej zadaniem jest włamanie się do Fortu Knox w celu sprawdzenia poziomu ochrony obiektu. W trakcie wykonywania zadania członkowie drużyny odkrywają na terenie fortu niebezpieczny obiekt. Muszą przeprowadzić drugie włamanie.