Mija kilka lat od pokonania ogromnych rekinów, które wydostały się z głębin Rowu Mariańskiego. Obecnie Jonas Taylor pracuje dla instytutu oceanologicznego Jiuminga Zhanga. Zwalcza firmy zatruwające środowisko. Pewnego dnia bierze udział w wyprawie badawczej, podczas której wraz z grupą nurków schodzi w głąb oceanu. Jonas i jego towarzysze, w tym siostrzenica Zhanga, Meiying, odkrywają tam prehistoryczną faunę. Gdy na dodatek okazuje się, że korporacja wydobywcza przeprowadza tam nielegalne odwierty, powstaje chaos, w którego wyniku megalodony, do tej pory oddzielone od świata ludzi barierą, korzystają z okazji, by poszerzyć swe terytorium łowieckie. Za cel obierają kurort Fun Island. Za nimi przybywają tam też inne prehistoryczne drapieżniki.