Akcja filmu rozgrywa się w XIV wieku w północnych Włoszech. Franciszkanin Wilhelm z Baskerville (Sean Connery) wraz ze swym uczniem Adsem (Christian Slater) przybywa do klasztoru benedyktynów, by wziąć udział w dyskusji o posiadaniu dóbr doczesnych przez dostojników Kościoła. W tym samym czasie w niewyjaśnionych okolicznościach, pod murem klasztornej biblioteki ginie jeden z młodych mnichów - Adelmus. Wkrótce potem mnisi znajdują kolejne zwłoki. Opat zwraca się do Wilhelma z prośbą o pomoc w rozwiązaniu tragicznej zagadki. Wilhelm sądzi, że tajemnica zabójstw tkwi w bibliotece opactwa. Tymczasem do klasztoru przybywa delegacja papieska, a wraz z nią wielki inkwizytor Bernardo Gui (F. Murray Abraham). Film jest ekranizacją bestsellerowej powieści Umberta Eco.