Instruktorka Akademii FBI w Quantico, Dana Scully (Gillian Anderson), zostaje przydzielona do specjalnego wydziału FBI, zajmującego się niezwykłymi i trudnymi do wyjaśnienia w racjonalny sposób zjawiskami i zdarzeniami. Sekcja w której zaczyna pracować Scully to Archiwum X, jednostka powołana do życia jeszcze za czasów wszechwładnego Johna Edgara Hoovera. Partnerem sceptycznej Scully zostaje Fox Mulder (David Duchovny) entuzjasta i zwolennik teorii spisku.Mulder otrzymuje tajemnicze anonimowe notatki. Domyśla się, że pochodzą one od Johna Barnetta, którego pomógł schwytać podczas jednej ze swoich pierwszych spraw. Tymczasem jego były zwierzchnik pokazuje Scully materiały wideo ze schwytania mężczyzny przez Muldera. W wyniku zaniechania Fox spowodował śmierć zakładnika i jednego z kolegów. Dana zaczyna interesować się tą sprawą. Odkrywa, że Barnett rzekomo zmarł w więzieniu na atak serca, choć nigdy wcześniej nie skarżył się na podobne dolegliwości.