Instruktorka Akademii FBI w Quantico, Dana Scully (Gillian Anderson), zostaje przydzielona do specjalnego wydziału FBI, zajmującego się niezwykłymi i trudnymi do wyjaśnienia w racjonalny sposób zjawiskami i zdarzeniami. Sekcja w której zaczyna pracować Scully to Archiwum X, jednostka powołana do życia jeszcze za czasów wszechwładnego Johna Edgara Hoovera. Partnerem sceptycznej Scully zostaje Fox Mulder (David Duchovny) entuzjasta i zwolennik teorii spisku.Mulder i Scully szukają sprawcy morderstw o podłożu seksualnym. Fox sądzi, że przyczyną śmierci ofiar jest śmiertelna dawka feromonów. Trop prowadzi detektywów do wioski amiszów w Massachusetts. Na miejscu zastają członków specyficznej społeczności, których charakteryzuje całkowity brak dzieci.