Instruktorka Akademii FBI w Quantico, Dana Scully (Gillian Anderson), zostaje przydzielona do specjalnego wydziału FBI, zajmującego się niezwykłymi i trudnymi do wyjaśnienia w racjonalny sposób zjawiskami i zdarzeniami. Sekcja w której zaczyna pracować Scully to Archiwum X, jednostka powołana do życia jeszcze za czasów wszechwładnego Johna Edgara Hoovera. Partnerem sceptycznej Scully zostaje Fox Mulder (David Duchovny) entuzjasta i zwolennik teorii spisku.Agenci badają sprawę dwóch identycznych morderstw, do których doszło w tym samym momencie. Ofiary były od siebie oddalone o setki kilometrów, ale zostały zabite w ten sam sposób. Mulder próbuje zdobyć informacje od córki jednego z zamordowanych mężczyzn. Teeny. Dziewczynka opowiada o dziwnym czerwonym świetle oraz dziwnej istocie z chmur, która chciała pozbawić jej ojca krwi. Wkrótce Teena zostaje porwana.