Drugi sezon przygód dwójki agentów FBI: Foxa Muldera (David Duchovny) i Dany Scully (Gilian Anderson). Prowadzą oni tytułowe Archiwum X, specjalną komórkę Federalnego Biura Śledczego, do której trafiają sprawy, nie dające się racjonalnie wytłumaczyć. Mulder głęboko wierzy w istnienie istot pozaziemskich i inne paranormalne zjawiska. Scully z kolei, jako naukowiec jest co do tego bardzo sceptyczna. Para funkcjonariuszy nawzajem się uzupełnia, stanowiąc niezastąpiony duet, rozwiązujący nawet najtrudniejsze sprawy.Obcy łowca głów uprowadza Scully. Porywacz chce ją wymienić na siostrę Muldera, która okazuje się klonem.