Ciąg dalszy przygód czterech niezwykłych żółwi z Nowego Jorku: Leonarda, Raphaela, Michelangela i Donatella. Wszyscy są mistrzami sztuki walki ninjutsu, a swoje umiejętności wykorzystują, by stawiać czoło złoczyńcom. Po kolejnych akcjach uświadamiają sobie, po co tak naprawdę istnieją. Odkrycie własnego przeznaczenia ma dla nich poważne konsekwencje.Żółwie uciekają przed płatnym zabójcą, którego wynajął Lord Dregg. Kryjówką drużyny staje się opuszczona stacja kosmiczna.