Ciąg dalszy przygód czterech niezwykłych żółwi z Nowego Jorku: Leonarda, Raphaela, Michelangela i Donatella. Wszyscy są mistrzami sztuki walki ninjutsu, a swoje umiejętności wykorzystują, by stawiać czoło złoczyńcom. Po kolejnych akcjach uświadamiają sobie, po co tak naprawdę istnieją. Odkrycie własnego przeznaczenia ma dla nich poważne konsekwencje.Mikroskopijni przybysze z kosmosu dokonują inwazji na mózg Mikey'a. Żółwie udają się za nimi w pościg poprzez podświadomość przyjaciela.