Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello znają wschodnią sztukę walki ninjutsu. Wychował ich i wytrenował zmutowany szczur - mistrz Splinter. Przyjaciele mają swoją kryjówkę na przedmieściach Nowego Jorku. Ich łączniczką z miastem jest nastoletnia April O'Neil. Żołwie codziennie stawiają czoło licznym wrogom i walczą z zagrożeniami. W wolnym czasie zajadają się ulubioną pizzą.Mikey odkrywa, że w mieście grasuje nowy mutant. Przy pomocy żywych pizz próbuje on atakować i uprowadzać mieszkańców. Reszta Żółwi nie bardzo chce wierzyć w rewelacje kolegi.