Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello znają wschodnią sztukę walki ninjutsu. Wychował ich i wytrenował zmutowany szczur - mistrz Splinter. Przyjaciele mają swoją kryjówkę na przedmieściach Nowego Jorku. Ich łączniczką z miastem jest nastoletnia April O'Neil. Żołwie codziennie stawiają czoło licznym wrogom i walczą z zagrożeniami. W wolnym czasie zajadają się ulubioną pizzą.Żółwie stają w obliczu nowego zagrożenia ze strony Shreddera, armii Żołnierzy Stopy. Karai zmusza Leonardo do walki z ninja, którzy potrafią dostosować się do każdego jego ruchu.