Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello znają wschodnią sztukę walki ninjutsu. Wychował ich i wytrenował zmutowany szczur - mistrz Splinter. Przyjaciele mają swoją kryjówkę na przedmieściach Nowego Jorku. Ich łączniczką z miastem jest nastoletnia April O'Neil. Żołwie codziennie stawiają czoło licznym wrogom i walczą z zagrożeniami. W wolnym czasie zajadają się ulubioną pizzą.April czuje się nieprzydatna. Za wszelką cenę pragnie towarzyszyć Żółwiom podczas misji. Niebawem Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello poznają szokujący sekret z przeszłości swej przyjaciółki.