Leonardo, Raphael, Michelangelo i Donatello znają wschodnią sztukę walki ninjutsu. Wychował ich i wytrenował zmutowany szczur - mistrz Splinter. Przyjaciele mają swoją kryjówkę na przedmieściach Nowego Jorku. Ich łączniczką z miastem jest nastoletnia April O'Neil. Żołwie codziennie stawiają czoło licznym wrogom i walczą z zagrożeniami. W wolnym czasie zajadają się ulubioną pizzą.Uwięziony ojciec April przesyła jej ostrzeżenie. Dziewczyna rusza mu z odsieczą. W misji ratunkowej towarzyszą jej żółwie. Ponadto muszą oni powstrzymać Kranga przed zdetonowaniem w mieście bomby z mutagenem.