Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.Mikey i Genghis Frog zostają wysłani w burzę, aby dostarczyć zaopatrzenie na lokalny rynek, gdzie spotykają elektryzującego Lee the Eel. Teraz Mikey musi stanąć na wysokości zadania i zostać przywódcą.