Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.W środku burzy Mikey i Genghis Frog dostarczają zaopatrzenie na lokalny rynek. Na miejscu spotykają elektryzującego Lee. Wkrótce Mikey zostaje przywódcą.