Szybki jak błyskawica i dzielny jeż Sonic ściera się w walce z przebiegłym Doktorem Eggmanem, w wyniku czego uniwersum się rozpada. Niestrudzony bohater musi naprawić to, co zostało zniszczone i ocalić swoich przyjaciół. By tego dokonać, przemierza niezwykłe światy. Przeżywając rozliczne przygody, poznaje nowych sojuszników.Sonic przeżywa szok, gdy odkrywa, że tajemniczym "potworem" jest Amy, występująca tu jako Tarnka Rose. Władając fragmentem Pryzmatu Paradoksu, Tarnka toczy walkę z mieszkańcami drzew. Aby wrócić do swojego świata, Sonic stara się doprowadzić do porozumienia między zwaśnionymi grupami.