Kontynuacja losów członków ekipy Skorpion, którymi dowodzi Walter O'Brien (Elyes Gabel), geniusz w dziedzinie informatyki. Swój talent rozwijał poprzez włamywanie się do ściśle tajnych baz, dostępnych jedynie dla organów państwowych. Wraz z innymi specjalistami rozwiązuje skomplikowane zagadki dotyczące cyberświata. W trzecim sezonie bohaterowie zmierzą się z hakerem, który przejął kontrolę nad samolotem i statkiem marynarki wojennej. Nie zabraknie także pozostałych członków zespołu - psychiatry Toby'ego Curtisa (Eddie Kaye Thomas), elektronicznego wirtuoza, Happy Quinn (Jadyn Wong) oraz Sylvestra Dodda (Ari Stidham), zwanego człowiekiem kalkulatorem.Przed ekipą O'Briena trudne wyzwanie. Muszą znaleźć zagrożony wyginięciem gatunek amazońskiej małpy. Tylko to stworzenie posiada przeciwciała, które powstrzymają epidemię śmiercionośnego wirusa. Tymczasem Toby i Happy udają się do doradcy.