Drugi sezon serialu, którego fabuła została oparta na życiorysie ekscentrycznego geniusza i komputerowego specjalisty, Waltera O'Briena (Elyes Gabel). Swoje wybitne zdolności w dziedzinie informatyki rozwijał, włamując się do ściśle tajnych systemów i państwowych baz danych. W opuszczonym hangarze postanawia stworzyć sieć genialnych ekspertów, którzy dzięki połączeniu swoich umiejętności będą w stanie rozwiązywać skomplikowane problemy współczesnego cyberświata.Zespół Skorpion musi przechytrzyć swojego byłego kolegę, Marka Collinsa (Joshua Leonard). Mężczyzna porywa Toby'ego i grozi, że go zabije, jeśli nie zostaną spełnione jego żądania.