Wkraczający w dorosłość młody czarnoksiężnik Merlin (Colin Morgan) broni Królestwa Camelot i jego władców przed wrogami. Szczególną opieką otacza młodego księcia Arthura (Bradley James), który w tej serii zostaje koronowany na króla. Czarodziej próbuje pokrzyżować szyki demonicznej Morganie (Katie McGrath) i innym przedstawicielom sił zła. Wielokrotnie stawia czoła mitycznym, jak i rzeczywistym wrogom. Dzięki walce z mrocznymi mocami Merlin zdobywa tajemną wiedzę, która w przyszłości pozwoli mu zdobyć sławę potężnego czarnoksiężnika.Losy królestwa nadal są niepewne. Bezwzględna Morgana może zaatakować w każdej chwili. Mimo to Arthur musi kontynuować swoją misję i poskromić demoniczną istotę, zwaną Dorochą. Tymczasem Lancelot pośpiesznie wraca na zamek, wioząc ze sobą ciężko rannego Merlina. Młody czarownik jest umierający po kontakcie z Dorochą. Rycerze wyruszają w pełną niebezpieczeństw podróż na Wyspę Błogosławionych. Nie mają pojęcia, jaką ofiarę planuje tam złożyć Arthur.