Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skipper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.W sklepie z pamiątkami furorę robią pluszowe maskotki przypominające Morta. Julian robi się zazdrosny i po rozmowie z Marlenką wpada na pewien pomysł. Spryskuje zabawki zapachem skunksa, przez co wszystkie zostają natychmiastowo wycofane ze sprzedaży i oddane do producenta. Przypadkowo wśród nich znajduje się także prawdziwy Mort. Pingwiny ruszają z misją ratunkową do fabryki.