Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skipper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Skipper zapowiada swoim podwładnym, że czeka ich bardzo trudna misja. Muszą wykraść zakopane plany z obszaru, który wkrótce stanie się miejscem budowy. Na miejscu pingwiny natrafiają na ekipę telewizyjną, która przygotowuje reportaż. Skipper postanawia przeprowadzić dywersję, ale wskutek nieszczęśliwego wypadku zapada na dziwną przypadłość i zaczyna sądzić, że jest sławnym prezenterem telewizyjnym. Rico, Kowalski i Szeregowy postanawiają kontynuować zadanie bez pomocy swojego szefa. Truth Ache: Pingwiny nagrywają materiały, na których pozostali mieszkańcy zoo wykonują kompromitujące ich czynności. Szeregowy nie czuje się z tym dobrze, ale wykonuje polecenia Skippera. Sytuacja komplikuje się, gdy najmłodszy pingwin przez pomyłkę wypija serum prawdy i zaczyna zdradzać sekrety zwierząt.