Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skipper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Zwierzęta z ogrodu zoologicznego zamawiają jedzenie w chińskiej restauracji. Wśród różnych potraw są też ciasteczka z wróżbą. Jedna z nich, która przytrafiła się Rico, przepowiada mu zły los. Skipper i jego ekipa nie wierzą w prawdziwość zapisanych słów i postanawiają się nimi nie przejmować. Król Julian robi jednak wszystko, aby przekonać Rico, że ciąży na nim klątwa.