Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skiper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.Pingwiny przypadkowo wypuszczają z zoo Koalę Leonarda na Manhattan i muszą go szybko odnaleźć, zanim ktoś zauważy jego zniknięcie. // W zoo w niewyjaśnionych okolicznościach giną małe ssaki. Pingwiny podejrzewają nowego mieszkańca - węża boa.