Kontynuacja przygód czterech pingwinów znanych z kinowego hitu "Madagaskar". Pewny siebie Skipper to lider grupy, Kowalski jest strategiem i pomysłodawcą każdej z akcji, Rico to specjalista od zadań specjalnych, a najniższy rangą Szeregowy wykonuje prace pomocnicze i pełni funkcje chłopca na posyłki. Po wydarzeniach z filmu lew Alex, hipopotamica Gloria, żyrafa Melman i zebra Marty zostają w Afryce. Grupa pingwinich komandosów wraca do Central Parku, by przejąć kontrolę nad zoo. Misja komplikuje się, gdy pingwiny odkrywają, że zabrał się z nimi pasażer na gapę - Król Julian i jego banda lemurów.W wyniku nieszczęśliwego wypadku Skipper łamie sobie płetwę i trafia do weterynarza. Ten aplikuje mu specjalną maść i zamyka w klatce na obserwację. Lider pingwinów podejmuje próbę ucieczki z zamknięcia, ale kończy się ona niepowodzeniem. Na domiar złego uruchamia telewizor, w którym akurat nadawany jest horror. Reszta zespołu przysłuchując się konwersacji aktorów dochodzi do wniosku, że dowódca zmarł wskutek infekcji, co prowadzi do komedii omyłek.