Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.Donnie i Wingnut łączą siły, by w końcu przywrócić zasilanie w legowisku. Zostają uwięzieni przez East River 3. Wkrótce okazuje się, że poziom wody się podnosi, a oni nie są sami. W celi jest również potwór.