Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.Mustand Sally, zmutowany konik morski, knuje zbrodniczy plan zatopienia miasta. Jedynie Leo i Gołąb Pete mogą go powstrzymać. Bycie przywódcą okazuje się trudnym zadaniem.