Żółwie Ninja powracają z czterema nowymi przygodami. Raph staje do walki na arenie walk mutantów, Donnie mierzy się ze zwariowanym naukowcem i jego wynalazkami, Leo zakłada strój superbohatera, by zmierzyć się z superzłoczyńcą, a Mikey, kierowany swoją ciekawością walczy z Szlamanem.Kiedy Leo, Mikey i Raph trafiają w ręce szalonego naukowca Jordana Perry'ego oraz jego zmutowanych potworów, Donnie staje przed trudnym zadaniem. Musi powstrzymać inwazję mutantów na Staten Island, a także ocalić wszystkich przed groźnym stworem znanym jako Mutantomega.