Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.Żółwie Ninja znów są w akcji. Choć tworzą zespół, nowe wyzwanie zmusza ich do działania w pojedynkę. Leonardo musi powstrzymać Bishop i jej armię, a także uratować swoich braci z niebezpieczeństwa.