Żółwie są już nastolatkami. Dorastanie okazuje się być dla nich czasem pełnym wyzwań. Przyjaciele muszą połączyć chodzenie do liceum w Nowym Jorku ze swoimi obowiązkami jako bohaterowie.Podczas burzy kanał ulega zalaniu. Zaniepokojona April sprawdza, czy Splinter i reszta superbohaterów nie potrzebuje pomocy. Atakuje ich zmutowana złota rybka. Mentor żółwi wzywa na pomoc szczurzą armię.