Serial jest kontynuacją filmu "Gwiezdne wrota". Kolejne odcinki ilustrują wyprawy do innych światów przy wykorzystaniu wrót, nadzorowanych przez wojskowych. Wrota działają tu w obie strony i mogą przez nie przebywać również przybysze z innych wymiarów: zarówno dobrzy, jak i siejący zagładę. Wyprawami dowodzi pułkownik O'Neill (Richard Dean Anderson).Baza Stargate znajduje się w wielkim niebezpieczeństwie. Zostaje zainfekowana niebezpiecznym wirusem, który zamienia swoje ofiary w bezmyślne, zwierzęce bestie.