Zaginiona Atlantyda została zbudowana przez starożytną cywilizację, której wiedza techniczna znacznie przewyższała ludzką. Międzynarodowa grupa naukowców wojskowych znajduje miasto. Okazuje się, że dzięki nowej technologii, odkrytej w mieście-statku, mogą korzystać z sieci gwiezdnych bram i podróżować po całym wszechświecie. Czeka ich jednak walka z nowym przeciwnikiem, tajemniczą rasą istot zwanych Widmami. Żywią się one ludzką siłą życiową.Sheppard i pozostali spotykają Sefaris i Novo. Należą oni do grupy ocalałych z planety Balara, którzy przeżyli plagę Hoffan. Obecnie żyją wśród ludzi, którym pomaga dr Beckett. Jednak wioska chce ich wydać, kiedy okazuje się, że poszukują ich Widma.