Zaginiona Atlantyda została zbudowana przez starożytną cywilizację, której wiedza techniczna znacznie przewyższała ludzką. Międzynarodowa grupa naukowców wojskowych znajduje miasto. Okazuje się, że dzięki nowej technologii, odkrytej w mieście-statku, mogą korzystać z sieci gwiezdnych bram i podróżować po całym wszechświecie. Czeka ich jednak walka z nowym przeciwnikiem, tajemniczą rasą istot zwanych Widmami. Żywią się one ludzką siłą życiową.W orbicie nad Atlantis pojawia się statek - rój Widm. Przesyła sygnał SOS. Sheppard wraz z zespołem postanawiają zbadać sprawę. Okazuje się, że Widma zostały zarażone dziwną chorobą.