Serial opowiada o grupie bohaterów, którzy badają tajemnice Atlantydy i jednocześnie zmagają się z coraz to nowymi zagrożeniami. Na początku czwartej serii ekipa znajduje się w niezwykle trudnej sytuacji. Członkowie ekspedycji są ranni, a samo miasto straciło kontakt z Ziemią. Dryfuje teraz w przestrzeni kosmicznej.Ekipa Atlantis ma nadzieję, że uda im się ostatecznie wyeliminować Replikatory. Poprzez Widmo znane pod imieniem Todd chcą doprowadzić do współpracy z flotą statków-rojów. Miałyby one walczyć u boku statków Dedal i Apollo. Jednak niewiele statków postanawia się przyłączyć.