Serial opowiada o grupie bohaterów, którzy badają tajemnice Atlantydy i jednocześnie zmagają się z coraz to nowymi zagrożeniami. Na początku czwartej serii ekipa znajduje się w niezwykle trudnej sytuacji. Członkowie ekspedycji są ranni, a samo miasto straciło kontakt z Ziemią. Dryfuje teraz w przestrzeni kosmicznej.Na znanej im planecie Sheppard i McKay podejmują się nietypowej misji. Mają eskortować młodą księżniczkę Harmony do ruin, w których będzie mogła stać się królową. Okazuje się jednak, że siostra Harmony chce przejąć tron. Wysyła za nią starych wrogów Shepparda i McKaya, aby im przeszkodzić.