Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.McKay pomaga rojowi Widm wprowadzić retrowirusa. Ronon zostaje na pokładzie. Jednak rój zdradza ekipę. Sheppard podłącza się do kadłuba roju, zanim ten wykona skok w nadprzestrzeń.