Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.Pułkownik Abe Ellis pojawia się na Atlantis z nowym statkiem i nową misją. Doktor Weir nie jest przekonana, czy postępuje on słusznie, ponieważ niepowodzenie może wywołać wojnę z bardzo potężnym wrogiem. Kiedy misja Ellisa przybiera zły obrót, Weir musi podjąć drastyczne kroki, aby ocalić Atlantis.