Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.Stworzenia, które przypominają wieloryby, gromadzą się wokół miasta. Echa wydawanych przez nich dźwięków sprawiają, że wszyscy zaczynają widzieć duchy Lantean. McKay odkrywa, że Pradawni próbowali nauczyć wieloryby swojego języka. Teraz one przybyły, aby ostrzec przed nadciągającą katastrofą.