Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.O'Neill i Woolsey zostają pojmani podczas szturmu Asuran na Atlantis. Ekipa Shepparda wraca do galaktyki Pegaza, aby odbić Atlantis. Nie wiadomo, czy uda im się odzyskać miasto bez ofiar.