Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.Ekipa pułkownika Shepparda otrzymuje kolejne zadanie. Mają zbadać pogłoski o rzekomym "superbohaterze" na pewnej planecie. Kiedy podejmują śledztwo, natrafiają na dwójkę starych znajomych.