Trzeci sezon serialu opowiadający o przygodach bohaterów w świecie Gwiezdnych Wrót. Po powstrzymaniu Widm przed dotarciem na Ziemię i porażce w badaniach nad retrowirusem ekspedycja rozpoczyna trzeci rok pobytu w Galaktyce Pegaza z ciągłym zagrożeniem ze strony Widm, a także z nowym, potężnym wrogiem, Asuranami, samoreplikującymi się nanobotami chcącymi wyeliminować mieszkańców Atlantydy i zniszczyć miasto.McKay zajmuje się zamykaniem niepotrzebnych systemów. W trakcie pracy nagle zostaje porażony przez dziwną maszynę Pradawnych. Okazuje się, że otrzymał dzięki temu supermoce. Życie Rodneya jest zagrożone.