Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.Załoga zostaje wzięta do niewoli przez porucznika Forda. Dowodzi on teraz grupą renegatów przyjmujących enzym Wraith. Ford namawia Shepparda i resztę jego zespołu do wspólnego przejęcia statku Wraith.