Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.W czasie misji Sheppard wraz z załogą dowiadują się, że osamotniony Wraith - którego sonda rozbiła się, co uniemożliwia mu powrót do wrót - od przeszło dziesięciu lat terroryzuje pewną osadę. Oferują swoją pomoc, ale chwilę po rozpoczęciu poszukiwań Teyla wyczuwa, że ten Wraith różni się od pozostałych.