Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.Pułkownik Sheppard zostaje oddzielony od reszty załogi. Podczas dochodzenia w sprawie starożytnego urządzenia trafia on do pętli czasu, gdzie życie toczy się o wiele szybciej. Dr McKay poszukuje sposobu, aby wydostać Shepparda z pułapki, zanim będzie za późno.