Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.Ekipa zostaje wezwana na planetę Taranis. Znajdują tam cywilizację, która korzysta z energii geotermalnej. Przywódca wioski prosi o pomoc w naprawie generatora osłony. Kiedy McKay rozpoczyna pracę, wychodzi na jaw, że wiosce zagraża gigantyczny wulkan. Może on wybuchnąć w każdej chwili.