Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.Atlantis otrzymuje komunikat od zbliżającego się statku-roju. Okazuje się, że na pokładzie znajduje się Michael - Widmo, którego próbowano zmienić w człowieka. Mówi, że wśród Widm rozgorzała wojna domowa. Proponuje pewien układ. Problem w tym, czy Michael i jego nowa królowa dotrzymają obietnicy.