Ciąg dalszy przygód członków ekspedycji wojskowo-badawczej pod kierownictwem Johna Shepparda. Załoga wychodzi cało z ataku Widm. Wkrótce dzięki Dedalowi i nowemu modułowi zeropunktowemu udaje się odzyskać kontakt z Ziemią. Dr Carson Beckett tworzy retrowirusa, dzięki któremu można zamieniać Widma w ludzi. Jego niedokończona wersja zostaje użyta przez Ellię. W efekcie traci ona resztki człowieczeństwa.Ronon Dex odkrywa, że małej grupie ludzi udało się przeżyć wcześniejszy atak Wraith na jego planetę. Wśród ocalałych jest także wojskowy, z którym łączą go pewne interesy. McKay wystawia Atlantis na duże niebezpieczeństwo, kiedy próbuje wyjaśnić tajemnicę starożytnego źródła mocy.