Serial jest kontynuacją filmu "Gwiezdne wrota". Kolejne odcinki ilustrują wyprawy do innych światów przy wykorzystaniu wrót, nadzorowanych przez wojskowych. Wrota działają tu w obie strony i mogą przez nie przebywać również przybysze z innych wymiarów: zarówno dobrzy, jak i siejący zagładę. Wyprawami dowodzi pułkownik O'Neill (Richard Dean Anderson).Jack, Sam i Teal'c wracają z planety Oannes. Są przekonani, że Daniel poniósł tam śmierć w płomieniach podczas wykonywania misji. Tymczasem członek załogi zostaje uwięziony przez tajemniczego Nema, który żyje pod wodą. Stwór poszukuje informacji o swojej partnerce, która mieszkała na Ziemi 4 tysiące lat wcześniej.