Mija rok, od kiedy Sherlock (Jonny Lee Miller) wyprowadził się z Londynu i zakończył współpracę z brytyjskiego wywiadu. Detektyw wraca do Nowego Jorku z zamiarem podjęcia pracy w policji. Jego nową asystentką zostaje Kitty Winter (Ophelia Levibond). Niejasne powody jej zatrudnienia wkrótce zaczynają negatywnie wpływać na relacje łączące detektywa i Joan (Lucy Liu). W życiu Watson pojawia się nowy mężczyzna, Andrew (Raza Jaffrey). Jest on całkowitym przeciwieństwem Holmesa - ma poukładane życie i rzadko wpada w tarapaty.Znudzony Holmes postanawia na siłę wtrącić się w śledztwo Watson, która próbuje odnaleźć poszukiwaną od pięciu lat kobietę. Jedyną poszlaką w sprawie jest zapach gałki muszkatołowej w miejscu, w którym ostatni raz widziano zaginioną. Związek na odległość Joan zostaje poddany próbie, gdy pojawia się jej dawny znajomy i prosi o pomoc.