W szóstym sezonie agenci zmierzą się z kolejnymi skomplikowanymi sprawami. Zajmą się dochodzeniem dotyczącym niezidentyfikowanego obiektu latającego. Będą musieli również przyjrzeć się niewyjaśnionemu morderstwu, które miało miejsce wiele lat wcześniej.Sebastian zostaje ranny podczas próby udaremnienia porwania. Jego koledzy wkraczają do akcji. Rozpoczyna się pogoń za porywaczami, którzy mają zakładniczkę. Zespół dowiaduje się nowych rzeczy na temat prywatnego życia agenta Cartera.